Τις σεζόν 2017/2018 και 2020/21 ο Σύλλογος αντιμετώπισε την μεγαλύτερη αγωνιστική πρόκληση των τελευταίων δεκαετιών με την συμμετοχή του στο πρωτάθλημα της Γ’ Εθνικής Κατηγορίας αναλαμβάνοντας συγχρόνως την εκπροσώπηση του Κεφαλονίτικου ποδοσφαίρου για πρώτη φορά σε μια εθνική κατηγορία πέραν του περιφερειακού.