Μετά την συμμετοχή της ομάδας στην Δ’ Εθνική την σεζόν 2004/05 ακολούθησε μια μακρά περίοδος (μέχρι το 2014) όπου ο Σύλλογος αντιμετώπισε αρκετά προβλήματα εντός κι εκτός αγωνιστικών χώρων με αποκορύφωμα τον υποβιβασμό στην Β’ Κατηγορία την σεζόν 2006/2007 και την έντονη διοικητική κρίση ύστερα από τον επεισοδιακό Τελικό Κυπέλλου της σεζόν 2008/2009. Την τελευταία οκταετία, ωστόσο, ο Παλληξουριακός διάγει μια περίοδο συνεχόμενης προόδου κι εξέλιξης σε όλες τις αγωνιστικές βαθμίδες επιδεικνύοντας μια ξεχωριστή συνέπεια σε διακρίσεις εντός νησιού σε επίπεδο ανδρικής ομάδας.